Thủ tục hải quan đối với hàng hoá kinh doanh tạm nhập-tái xuất thực hiện theo quy định đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thương mại. Ngoài ra do tính đặc thù của loại hình này, một số nội dung được hướng dẫn thêm như sau:
1. Địa điểm làm thủ tục hải quan
a) Hàng hoá kinh doanh tạm nhập-tái xuất chỉ được làm thủ tục hải quan tại cửa khẩu.
b) Hàng hoá khi tái xuất được làm thủ tục hải quan tại cửa khẩu nhập hoặc cửa khẩu tái xuất.
c) Hàng hoá tạm nhập-tái xuất là hàng hoá thuộc danh mục cấm nhập khẩu thì phải lưu giữ trong khu vực cửa khẩu nhập, phải làm thủ tục tái xuất tại Chi cục Hải quan cửa khẩu tạm nhập hàng. Trường hợp hàng tái xuất được phép đi qua cửa khẩu khác cửa khẩu tạm nhập thì việc giám sát hàng hoá trong quá trình vận chuyển đến cửa khẩu xuất áp dụng như đối với hàng chuyển cửa khẩu.
2. Quản lý hàng tạm nhập-tái xuất
a) Khi làm thủ tục tái xuất, ngoài những chứng từ như đối với hàng hoá xuất khẩu thương mại, người khai hải quan phải nộp một bản sao và xuất trình bản chính tờ khai hàng tạm nhập.
b) Hàng hoá tạm nhập có thể được chia thành nhiều lô hàng để tái xuất. Khi tái xuất, doanh nghiệp phải tái xuất một lần hết lượng hàng khai trên một tờ khai tái xuất.
c) Hàng hóa tạm nhập phải chịu sự giám sát của cơ quan hải quan
c.1) Việc giám sát hải quan đối với hàng hóa tạm nhập để tái xuất thuộc danh mục hàng cấm nhập khẩu thực hiện theo điểm c mục 1 ở trên.
c.2) Giám sát hải quan đối với hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất không thuộc danh mục hàng cấm nhập khẩu:
c.2.1) Thương nhân chịu trách nhiệm đảm bảo nguyên trạng hàng hoá, niêm phong trong thời hạn lưu lại tại Việt Nam và vận chuyển tới cửa khẩu xuất hàng;
c.2.2) Trường hợp nguời khai hải quan làm thủ tục tái xuất tại cửa khẩu tạm nhập hàng nhưng hàng hoá được tái xuất tại cửa khẩu khác thì Chi cục Hải quan cửa khẩu tạm nhập lập Biên bản bàn giao hàng hoá kinh doanh tạm nhập tái xuất (mẫu 03/BBBG-TNTX/2010 ban hành kèm theo Phụ lục III kèm theo Thông tư 194); việc giám sát hàng hoá được thực hiện bằng niêm phong hải quan;
c.2.3) Trường hợp người khai hải quan làm thủ tục tái xuất tại cửa khẩu khác cửa khẩu tạm nhập thì sau khi hoàn thành thủ tục tái xuất hàng, Chi cục Hải quan cửa khẩu xuất fax tờ khai tái xuất (bản lưu Hải quan) cho Chi cục Hải quan cửa khẩu tạm nhập để theo dõi, thanh khoản tờ khai theo quy định.
d) Hàng hoá tái xuất đã hoàn thành thủ tục hải quan phải được xuất khẩu qua cửa khẩu trong thời hạn tám giờ làm việc kể từ khi hàng đến cửa khẩu xuất; trường hợp chưa xuất hết, nếu có lý do chính đáng và còn trong thời hạn lưu giữ tại Việt Nam theo quy định tại Điều 12 Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23/01/2006 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thương mại về hoạt động mua bán hàng hoá quốc tế và các hoạt động đại lý mua, bán, gia công và quá cảnh hàng hoá với nước ngoài thì Lãnh đạo Chi cục Hải quan cửa khẩu xuất xem xét, gia hạn để xuất khẩu hết trong các ngày kế tiếp.
e) Việc gia hạn thời hạn tạm nhập tái xuất đối với hàng hóa tạm nhập tái xuất quy định tại khoản 2, Điều 12 Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23/01/2006 của Chính phủ được thực hiện như sau:
e.1) Thời hạn ghi trong giấy phép tạm nhập tái xuất của Bộ Công thương là thời hạn để thương nhân làm thủ tục hải quan cho lô hàng tạm nhập vào Việt Nam.
e.2) Trường hợp hàng hoá kinh doanh tạm nhập tái xuất đã hoàn thành thủ tục tạm nhập vào Việt Nam được lưu lại tại Việt Nam theo thời hạn quy định. Nếu thương nhân cần kéo dài thời hạn lưu lại tại Việt Nam thì có văn bản đề nghị gửi Chi cục Hải quan cửa khẩu nơi làm thủ tục tạm nhập hàng hóa, lãnh đạo Chi cục Hải quan xem xét, chấp nhận thời gian gia hạn theo quy định, ký, đóng dấu Chi cục trên văn bản đề nghị của thương nhân và trả lại thưong nhân để làm thủ tục tái xuất hàng hóa; lưu hồ sơ hải quan 01 bản sao; không yêu cầu thương nhân phải xin phép bổ sung của Bộ Công thương.
3. Thanh khoản tờ khai tạm nhập
a) Chi cục Hải quan làm thủ tục tạm nhập hàng hoá chịu trách nhiệm thanh khoản tờ khai tạm nhập.
b) Hồ sơ thanh khoản thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 119 Thông tư 194.
c) Thời hạn nộp hồ sơ thanh khoản thực hiện theo hướng dẫn tại khoản 2 Điều 132 Thông tư 194.
d) Trường hợp hàng hoá tạm nhập nhưng không tái xuất hết, doanh nghiệp đề nghị được chuyển tiêu thụ nội địa thì phải có văn bản gửi cơ quan hải quan. Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục tạm nhập hàng giải quyết thủ tục nhập khẩu và thanh khoản tờ khai tạm nhập, không đăng ký tờ khai mới, doanh nghiệp chỉ khai và nộp thuế nhập khẩu, tiêu thụ đặc biệt, giá trị gia tăng (nếu có) theo quy định. Thời hạn nộp thuế, phạt chậm nộp thuế thực hiện theo hướng dẫn tại khoản 2 Điều 18 Thông tư 194.
Hàng hoá tạm nhập chuyển tiêu thụ nội địa phải tuân thủ chính sách thuế, chính sách quản lý nhập khẩu như hàng hoá nhập khẩu theo loại hình nhập kinh doanh.
II. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá kinh doanh chuyển khẩu
1. Hàng hoá kinh doanh chuyển khẩu được vận chuyển thẳng từ nước xuất khẩu đến nước nhập khẩu không qua cửa khẩu Việt Nam thì không phải làm thủ tục hải quan.
2. Hàng hoá kinh doanh chuyển khẩu được vận chuyển từ nước xuất khẩu đến nước nhập khẩu, có qua cửa khẩu Việt Nam nhưng không đưa vào kho ngoại quan, không đưa vào khu vực trung chuyển hàng hoá tại các cảng Việt Nam: cơ quan hải quan thực hiện việc giám sát hàng hoá cho đến khi hàng hoá thực xuất khẩu ra khỏi Việt Nam.
3. Hàng hoá được vận chuyển từ nước xuất khẩu đến nước nhập khẩu có qua cửa khẩu Việt Nam và đưa vào kho ngoại quan, khu vực trung chuyển hàng hoá tại các cảng Việt Nam thì làm thủ tục hải quan theo quy định đối với hàng hoá đưa vào, đưa ra kho ngoại quan, khu vực trung chuyển hàng hóa tại các cảng Việt Nam.
4. Hàng hóa kinh doanh theo phương thức chuyển khẩu phải đưa ra khỏi lãnh thổ Việt Nam tại cửa khẩu nhập.
5. Hàng hoá kinh doanh chuyển khẩu thuộc đối tượng được miễn kiểm tra. Trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì phải kiểm tra hải quan theo quy định tại Điều 14 Thông tư 194.